Fundada a Principios del siglo XVII por monjes franciscanos que buscaban un sitio
para los indígenas de Cd. Fernández, debido a la legislación de ese tiempo en
la cual se establecía la separación de razas. Primero se estableció en el
paraje conocido como "Santa Elena", una pequeña colina a varios kilómetros
del pueblo español, para después desplazarse medio kilómetro al este. El sitio
conocido como "El Palmar", el cual si estaba irrigado y contaba con
pozo, fue donde se construyó la misión, fundada por el fraile Juan
Bautista de Mollinedo, de hábito franciscano, el 1 de julio de 1617.
El sistema da haciendas, base del sistema económico colonial, no
tuvo éxito en sus inicios en el Valle del Rio Verde, debido a la hostilidad de
los Pames Xi'oi contra los españoles que buscaban tomar sus tierras y se
negaban a ser evangelizados y abandonar sus costumbres y comunidades (como La
Manzanilla o Adjuntas) para ir a vivir como esclavos a las ciudades.
No fue sino hasta varias décadas después de la Guerra Chichimeca
que los españoles, necesitados de mano de obra, decidieron traer indios
Alaquines al valle para trabajar por ellos, además de intentar demostrar a los
Xi'oi que la vida "civilizada" también era posible para los
indígenas. En este tiempo se construyeron las "acequias" que hasta la
fecha alimentan de agua fresca de la Media Luna los pozos, sembradíos y huertas
que subsisten en medio de la ciudad. Algunas son superficiales, mientras que
otras siguen corriendo por debajo de Rioverde. todas, curiosamente, comparten
las mismas especies animales endémicas de la Media Luna, como los peces plateados
y las ranas marrón.
Durante la Independencia, la bandera insurgente fue promovida
por Zenón Fernández, un criollo originario de la Villa del Dulce Nombre de
Jesús (hoy Ciudad Fernández)
siendo entonces cuando Rioverde comenzó a tomar mayor importancia que su ciudad
hermana, al ser "La Villa" la ciudad de los españoles, mientras que Rioverde
era la ciudad de los "mestizos e indios", por ende, más poblada.
Durante las Guerras de
Reforma (Guerra de los Tres Años) Tomás Mejía (Conservador) se enfrentó a Mariano
Escobedo(liberal) derrotándolo después
de un intenso bombardeo y varios asaltos a la iglesia de Santa Catarina (el
Palmar). Tras entregar la espada en la Torre de la iglesia, Escobedo se dispuso
a ser fusilado, recibiendo el indulto de Mejía, quien le respetaba como militar
y tenía en estima desde la Guerra México-Americana.
Años después, tras la caída del segundo Imperio, Escobedo quiso
devolver la piedad en el Cerro de las Campanas en Querétaro, a lo que Mejía se
negó, muriendo fusilado junto con Miguel Miramón y el Emperador Maximiliano de
Habsburgo